باحثون من وزارة الصحة ومراكز دولية يكتشفون أنماط انتقال معقدة لكورونا

جينوم فيروس كرونا المسبب لمتلازمة التهاب  الجهاز التنفسي لشرق المتوسط تكشف عن أنماط انتقال معقدة

متابعة التسلسل الجيني تكشف عن عدة سلالات من فيروس كرونا المسبب لمتلازمة التهاب  الجهاز التنفسي لشرق المتوسط في الأنسان

بواسطة التتبع التسلسلي الجينومي تم التعرف على عدة سلالات لفيروس كرونا المسبب لمتلازمة التهاب  الجهاز التنفسي لشرق المتوسط في الإنسان. الدراسة التي خرجت بالتحلبل الجيني لاكبر عدد من فيروسات كرونا المسبب لمتلازمة التهاب الجهاز التنفسي لشرق المتوسط موصوف حتى تاريخه. قدمت هذه الدراسة شواهد و اثباتات أن نمط انتقال فيروس كرونا المسبب لمتلازمة التهاب  الجهاز التنفسي لشرق المتوسط اكثر تعقيدا مما كان يعتقد سابقاَ.

على مستوى العالم حتى الان تم تشخيص 110 حالة مصابة بفيروس كرونا المسبب لمتلازمة التهاب  الجهاز التنفسي لشرق المتوسط منها 52 حالة وفاة. يعمل باحثون من معهد ولكم ترست سانغر و جامعة ادنبرة و كلية لندن الجامعية  مع وزارة الصحة السعودية لتتبع التسلسل الجيني للفيروس لمعرفة كيفية انتشاره. وسوف تساعد هذه المعرفة الباحثين لتطوير التدخلات والتدابير للسيطرة على العدوى.

الباحثون من معهد سانغر تتبعوا و حللوا التسلسل الجيني لعينات فيروس كرونا المسبب لمتلازمة التهاب  الجهاز التنفسي اخذت من 21 مريضاَ من مختلف انحاء المملكة
العربية السعودية. قام الباحثون بربط المواقع الجغرافية للمرضى ووقت الإصابة و كمية الإختلافات الجينية التي تمت مشاهدتها بين جينومات الفيروس.  هذا العمل أعطى صورة اكثر وضوحا عن الكيفية التي ينتشر بها الفيروس و الكيفية التي تغير بها جينوم الفيروس مع مرور الزمن.

” قمنا بمتابعة التحليل الجيني الدقيق لجينوم فيروس كرونا المسبب لمتلازمة التهاب  الجهاز التنفسي لشرق المتوسط, لعينات أخذت من 21 مصابا لحساب معدل التطورالدقيق للفيروس” هذا ما قاله د. ماثيو كوتون من معهد سانغر ببريطانيا. ” باستخدام معدل التطور هذا , تمكنَا من  تحديد معقولية الإنتقال الجيني من شخص لاخر . حيث اثبتت الدراسه انه من ضمن 13 حادثة انتقال تم توقعها باللإستقصاء الوبائي, فان الشواهد الجينية التي تم الحصول عليها دعمت فقط 8 منها.”

النتائج التي تم التوصل اليها تبين أن انتقال الفيروس من انسان إلى انسان اكثر تعقيدا مما كان متوقعا و تدل على وجود مصادر إضافية للفيروس إما بشرية أو حيوانية. و أحد الإحتمالات هو أنه ربما ان هناك حالات لم يتم كشفها ( من المحتمل انها غير ذات أعراض و علامات) و هم الناس الحاملين و الناشرين للفيروس.

“الإختلافات الجينية التي اكتشفناها عند المصابين كانت كبيرة جدا لتفسر بحدوث خطأ في النسخ المتماثل للفيروس عند الإنتقال من شخص لآخر خلال سلسلة واحدة من العدوى” هذا ما أوضحه بروفيسور بول كيلام, باحث في معهد سانغر في بريطانيا: “بدلا عن ذلك فإن نتائج دراستنا تقترح أن الأنساب  المختلفة للفيروس نشأت عند القفزة الإنتقالية للفيروس للانسان من مصادر حيوانية عدة مرات”.

بما أنه حتى الآن لم يتم التعرف على حيوان في الشرق الأوسط و لا في أي مكان آخر مصاب بفيروس كرونا المسبب لمتلازمة التهاب  الجهاز التنفسي لشرق المتوسط , و الدراسات التي بنيت على تتبعات تسلسلية صغيرة تقترح أن أسلاف مشتركة للفيروس كانت قد عاشت في الخفافيش لسنوات عدة سابقة. والدراسات الميدانية لكل الانواع الحيوانية المحتمل ان تكون حاضنة للفيروس ,
بما فيها الجمال , الخفافيش. الأغنام ,  الخراف, الكلاب , القطط , القوارض وأنواع  أخرى  في المملكة العربية السعودية و دول شرق اوسطية أخرى مازالت مستمرة.

” مزيد من الدراسات عن جينومات فيروس كرونا المسبب لمتلازمة التهاب  الجهاز التنفسي لشرق المتوسط نحتاج لإجرائها و وربطها بالتقصيات للتعرضات الحالية و أنشطة المصابين” هذا ما قاله منسق الدراسةد.  زياد ميمش وكيل وزارة الصحة للصحة العامة بالرياض المملكة العربية السعوديةبالنيابه عن الباحثيين السعوديين المشاركيين في البحث واعضاء اللجنه الوطنيه للامراض المعديه المشرفه على سياسات التصدي للمرض في المملكه. ” المصدر الحيواني لفيروس كرونا المسبب لمتلازمة التهاب  الجهاز التنفسي لشرق المتوسط و الطريقة التي ينتقل بها للبشر ليست معروفة بعد. هذه المعلومة تعد اساسية لتطوير التدخلات اللازمة للحد من خطورة الإنتقال, ومعرفة وبائية المرض و تطوير وسائل فعالة للتحكم بالعدوى”.

###خاتمة###
ملحوظة للمحررين.

تفاصيل النشر
كوتو  م. واتسون  س ج , كليم ب و آخرون. انتقال و تطور فيروس كروما المسبب لمتلازمة التهاب الجهاز التنفسي في المملكة العربية السعودية
دراسة وصفية جينومية . اللانست 2013 م. نشرت على النسخة اللكترونية قبل الطبع في دويxxxxx
التمويل.
عميق الشكر و الإمتنان لكل الفريق للعامل من وزارة الصحة السعودية لدعمهم و كذلك العاملين بالمختبر الأقليمي بجدة. عمل التبع التسلسلي تم دعمه بواسطة  معهد ولكم ترست  و البرام الإطارية السبع للمجتمع الأوروبي ( ف  ب7/ 2007-2013) ضمن مشروع  إمبيري. واتفاقية ضمان المجتمع الأوروبي رقم 223498 ضمن مشروع . بروفيسور زومولا (آ.ز ) يشكر دعم المعهد العالمي لأبحاث الصحة و مركز الأبحاث الطبية الحيوية , كلية لندن الجامعية ,  EDCTP  وال   EC-FW7

المراكز المشاركة
قائمة كاملة بالمراكز المشاركة  متوفرة من خلال الورقة الممنشورة.
مواقع على الإنترنت
وزارة الصحة السعودية المتداولة هنا

معهد ولكم ترست سانغر أحد مراكز الجينوم القائدة في العالم . من خلال قدرته على إجراء البحوث في هذا المجال, فإن المعهد قادر على الدخول في الأبحاث الكشفية طويلة الأمد المصممة للتأثير الإيجابي و تقوية العلوم الطبية عالميا. نتائج الدراسات التي قام بها المعهد  نشأت من خلال البرامج البحثية للمعهد و من خلال دوره الرئيس في المنظومة العالمية. استخدمت هذه الأبحاث لتطوير تشخيص و معالجة الأمراض .
https://www.sanger.ac.uk

ويلكم ترست مؤسسة خيرية تكرس جهودها لإنجازات فوق العادة لتطوير صحة الأنسان و الحيوان. نحن ندعم العقول النيرة في مجال الأبحاث الطبية الحيوية و الطبية الإنسانية..يشمل دعمنا المشاركة الجماهيرية التعليم و تطبيق البحوث لتعزيز الصحة. نحن جهة مستقلة من السياسة و الأغراض التجارية
https://www.wellcome.ac.uk
تفاصيل التواصل
دون باول المدير الطبي
معهد ولكم ترست
هينكستون. كيمردج  CB10 1SA, UK
Tel +44 (0)1223 496 928
Mobile +44 (0)7753 7753 97
Email [email protected]

MERS Co-V genomes reveal complicated transmission patterns

Genome sequencing identifies multiple chains of MERS Co-V infection in humans

Genome sequencing has identified severalinfection chains of the Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV) in humans. The study, which produced the largest number of MERS-CoV genomes described to date, provides evidence that MERS-CoV transmission patterns are more complicated than previously considered.

Globally, 110 people have been diagnosed with MERS-CoV since 2012, including 52 deaths. Researchers from the Wellcome Trust Sanger Institute, Edinburgh University and University College Londonareworking with the Kingdom of Saudi Arabia’s Ministry of Health to sequence the virus to discover how it is spreading. This knowledge will help researchers develop interventions and infection-control measures.

Sanger Institute researchers sequenced and analysed the genomes of MERS-CoV samples taken from 21 patients across the Kingdom of Saudi Arabia. The researchers combined the geographic locations of the people with the time they were infected and the amount of genetic differences seen between the virus genomes. This work gave a higher resolution picture of how the virus has spread and how its genome has changed over time.

“We deep-sequenced the genomes of MERS-CoV taken from 21 infected people to calculate accurately the rate of evolution of the virus,” said Dr Matthew Cotten, from the Sanger Institute and the study’s first author. “Using this evolution rate, we could define genetically plausible transmission pairs. However, of the 13 transmission events that were predicted from the epidemiology, the genetic evidence we gathered could only support eight.”

The findings suggest that human-to-human transmission is more complicated than expected, and indicates that additional sources of the virus, either human or animal, are involved. One possibility is that there may be undetected (and possibly asymptomatic) people who could be carrying and spreading the virus.

“The genome differences we discovered in some infected people were too great to be explained by replication errors occurring in the virus as it is passed from human to human during a single chain of infection,” explained Professor Paul Kellam, senior author from the Sanger Institute. “Instead our findings suggest that different lineages of the virus have originated from the virus jumping across to humans from an animal source a number of times.”

As yet no animal with MERS-CoV has been identified in the Middle East or elsewhere and studies based on small sequence fragments suggest that a common ancestor of the virus may have existed in bats many years ago. Field studies of all the likely reservoir species, including camels, bats, goats, sheep, dogs, cats, rodents and others in the Kingdom of Saudi Arabia and other middle-eastern countries are on-going.

“Further MERS-CoV genomic studies need to be carried out in conjunction with investigations into the recent exposures and activities of infected people,”said corresponding author Dr.ZiadMemish, Deputy Minister of Health, Riyadh, Kingdom of Saudi Arabia on behalf of all the Saudi Co-authors who are members of the National Infectious Diseases committee overseeing the response strategy for MERS-COV . “The animal source of MERS-CoV and the way that it is transmitted to humans is not yet known. This information is critical for developing interventions for reducing the risk of transmission, defining the epidemiology and developing effective control measures.”

###ends###
Notes to Editors

Publication Details
Cotten M, Watson SJ, Kellam P et al. Transmission and Evolution of the Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus in Saudi Arabia – a descriptive genome study. The Lancet 2013
Published online before print at doi: XXXXX

Funding
The support of all staff at the KSA Ministry of Health and the Jeddah regional laboratory is gratefully acknowledged. The sequencing work was supported by the Wellcome Trust Sanger Institute and the European Community’s Seven Framework Programme (FP7/2007-2013) under the project EMPERIE, European Community grant agreement number 223498 and under the project PREDEMICS, grant agreement number 278433. Professor Zumla (A.Z) acknowledges support from the National Institute of Health Research Biomedical Research Centre, University College London Hospitals, the EDCTP and the EC-FW7.

Participating Centres
A full list of participating centres is available from the paper

Websites

KSA Ministry of Health boilerplate here

The Wellcome Trust Sanger Institute is one of the world’s leading genome centres. Through its ability to conduct research at scale, it is able to engage in bold and long-term exploratory projects that are designed to influence and empower medical science globally. Institute research findings, generated through its own research programmes and through its leading role in international consortia, are being used to develop new diagnostics and treatments for human disease.
https://www.sanger.ac.uk

The Wellcome Trust is a global charitable foundation dedicated to achieving extraordinary improvements in human and animal health. We support the brightest minds in biomedical research and the medical humanities. Our breadth of support includes public engagement, education and the application of research to improve health. We are independent of both political and commercial interests.
https://www.wellcome.ac.uk

Contact details
Don Powell Media Manager
Wellcome Trust Sanger Institute
Hinxton, Cambridge, CB10 1SA, UK
Tel +44 (0)1223 496 928
Mobile +44 (0)7753 7753 97
Email [email protected]

End of Notes to Editors